Výzkum umožňuje pochopení fungování a stabilizace lesních ekosystému, umožňuje kvantifikovat a optimalizovat produkci dřevní hmoty (kvantitu i kvalitu) i plnění celospolečenských funkcí lesa. Prováděný výzkum má přímou vazbu na ekonomiku lesního hospodářství a lesnickou politiku v podobě legislativních úprav. Má vliv nejen na vlastníky lesa ale i na širokou veřejnost- návštěvníky lesa. Výsledky výzkumu jsou pro veřejnost prezentovány při pořádání různých seminářů a přednášek (např. BVV – SilvaRegina), v průběhu dnů otevřených dveří nebo dnů vědy na LDF MENDELU v Brně a jinde, formou přednášek, informačních letáků a posterů, formou článků a publikací v odborných časopisech, a v neposlední řadě i denním tisku a formou speciálních vyjádření a odborných posudků a zpráv.
Ústav zakládání a pěstění lesů se věnuje jak v pedagogické tak vědecko-výzkumné oblasti následujícím oborům: genetika a šlechtění lesních dřevin (kvantitativní a ekologická genetika lesních dřevin se zaměřením na adaptivní znaky), semenářství, zakládání lesních porostů a dřevinné vegetace a pěstění lesa. Tyto obory jsou rozvíjeny ve specifických oblastech výzkumu, kde je zvláštní pozornost věnována plodnosti a kvalitě semenného materiálu domácích druhů dřevin, vlivu stromových výstavků na odrůstání semenáčků, provenienčním pokusům, studiu deformací kořenového systému sazenic ve vazbě na způsob pěstování v lesní školce a na způsob výsadby, optimalizaci umělé obnovy, stabilizaci lesních ekosystémů vyváženým poměrem přirozené a umělé obnovy lesa (i ve vazbě na lesnickou politiku), dynamikou přirozené obnovy v porostních mezerách ve vazbě na ekologické podmínky, vlivem probírkových zásahů na produkci a sekvestraci uhlíku, produkčnímu potenciálu a pěstebním postupům při zavádění introdukovaných dřevin v ČR (douglaska tisolistá, borovice vejmutovka, paulovnie - na zemědělských půdách aj.), nízkému a střednímu lesu jako biologické a produkční alternativě budoucnosti, studiu smíšených porostů, vodní bilancí lesních ekosystémů a řízení vodní komponenty v krajině apod.
Rozvíjen bude výzkum a možnost uplatnění principů „ekologicky oprávněného hospodaření v lesích" a to jak při transformaci stávajících lesních porostů, tak při hospodaření v systémech bohatě strukturovaných. Širší využití a výzkum možnosti uplatnění sukcese (přírodních procesů) a dřevin pionýrských především při obnově lesa po kalamitách. S ohledem na záměry MZe a MŽP bude výzkum zaměřen i na pěstování dřevin na zemědělské půdě jak formou plantáží, tak především individuálně formu agrolesnických systémů s větší pozorností kladenou především na cenné sorty a rychle rostoucí dřeviny.